Для простой границы в xml-схеме не предусмотрена операция замены границы полностью. Простую границу Росреестр сейчас вероятно, рассматривает как контур с номером 1.
Поменяйте вид объекта на "многоконтурный", правой кнопкой на границе "Вид".
В ликвидируемый контур с номером 1 (это важно), поместите исходную границу.
В образуемом контуре опишите новую границу объекта, номер контура не важен.
Особенности уточнения по xml-схеме interact_entry_boundaries_v02: Если при уточнении, из выписки загрузился простой объект с элементами контура, его нужно преобразовать в многоконтурный специальным образом.: исходные границы с элементами контура оформить как ликвидируемый контур с номером 1, все элементы контура, которые должны стоять на учете после сдачи документа, оформить как образуемые контура. Если из выписки загружается многоконтурный объект, то работать нужно с контурами.
Номера контуров нельзя менять, должны оставаться как в ЕГРН (выписке). Порядок обхода точек (правой кнопкой на границе «Порядок точек») в границе (контуре) при уточнении нельзя менять, должен оставаться как в выписке (ЕГРН) и в исходных и в новых границах, т.к. выгружается измененный участок границы, между двух неизмененных точек. Порядок не важен, если граница меняется целиком (удаляете, а затем образуете контур (границу)). Росреестр не может обработать добавление и удаление внутренних границ при уточнении, нужно удалять и образовывать контура. Для простых границ, в случае добавления или удаления внутренних границ, нужно поменять вид объекта на многоконтурный, исходную границу оформить как ликвидируемый контур с номером 1, а новую границу оформить образуемым контуром. | 
