ПКЗО работает с теми координатами, которые указаны в выписке.
Загружает которые указаны, и никак их не меняет, это легко проверить. Никакой привязки нет. В выписке указана система координат, в которой подготовлена выписка.
Для ПКЗО это набор символов, но при загрузке документа в ЕГРН, эта система координат указывает куда нужно поставить объект на карте РФ.
Вы пишите, что ЗУ разлетаются.
Разлетаются относительно чего?
Если у объектов разная система координат они должны разлетаться.
Загружайте все объекты в одной СК.
Точные ключи пересчета между системами координат официально недоступны (имеют гриф секретно). В ПКЗО доступен пересчет систем координат (правой кнопкой на границе "Изменить систему координат..."), он выполняется по подобранным ключам пересчета из открытых источников, интернета.
Для кадастровых работ его использовать нельзя. Этот пересчет в некоторых случаях позволяет оценить обстановку, вероятно его можно использовать для схем (для объектов расположенных в разных СК). Оценить обстановку и посмотреть как влияет СК можно по онлайн подложке (НСПД подложке) в ПКЗО, подробности в первой теме на форуме https://www.pkzo.ru/forum/90894/Если нужна подробная инструкция по подложке, пишите на support@pkzo.ru | 
